Nous savions que les Néandertaliens et les Dénisoviens se mélangeaient. Nous connaissions également Homo sapiens mélangé aux deux. Les arbres généalogiques des premiers humains ont toujours ressemblé à des buissons en désordre. Pas de lignes épurées. Nous avons maintenant la preuve qu’un autre couple se réunit. Homo erectus et Dénisoviens. La preuve ? Protéines dentaires. Plus précisément, les protéines des dents de six H. erectus individus. Ces gens vivaient en Chine il y a 400 000 ans. Cette étude, qui vient d’être publiée dans Nature, nous donne le premier indice génétique de cette connexion spécifique.
Homo erectus est un poids lourd. Ils ont vécu près de deux millions d’années. Depuis 1,9 million d’années jusqu’à environ 100 000 ans. Alors que les Néandertaliens, les Dénisoviens et H. sapiens errait, erectus était là aussi. Ils étaient les pionniers. Le premier à quitter l’Afrique. Ils sont allés jusqu’en Indonésie. Java, même.
Mais génétiquement ? C’étaient des fantômes.
Nous n’avons que des données ADN provenant d’un seul spécimen. Un fossile trouvé en Géorgie datant de 1,8 million d’années. Les chercheurs y ont recherché des marqueurs uniques. Je n’ai rien trouvé de distinct. Cela ressemblait trop à tout le monde.
Les dents détiennent le secret
La Chine a de meilleures chances. Plus d’une douzaine de sites abritent des restes d’erectus d’âges différents. Une mine d’or. Qiaomei Fu et son équipe de l’Institut de paléontologie et de paléoanthropologie des vertébrés se sont lancés dans l’aventure. Ils se sont concentrés sur trois points. Zhoukoudian, près de Pékin (où le célèbre « homme de Pékin » a été découvert il y a plusieurs décennies), ainsi que des sites à Hexian et Sunjiadong. Les dents datent d’il y a environ 400 000 ans. Pléistocène moyen.
Fu a extrait les protéines de l’émail. Six dents au total. Cinq d’hommes, un d’une femelle. Pourquoi des protéines ? L’ADN est fragile. Il se décompose. Les protéines durent plus longtemps. Cependant, comme les séquences d’ADN, les séquences de protéines vous indiquent qui est lié à qui.
Ils ont séquencé des fragments de neuf protéines différentes. Une protéine s’est démarquée. Améloblastine. Une protéine de la matrice de l’émail. Ils ont trouvé deux variantes d’acides aminés partagées par les six spécimens. Variantes qui définissent l’Asie de l’Est H. erectus à part de tous les autres.
“Il est difficile d’obtenir ce type de données à partir d’émail ancien, donc avoir une cohérence sur six dents était très cool.” — John Hawks, Université du Wisconsin-Madison
Une variante implique la glycine en position 253. Dans les dents erectus, c’est la glycine. Chez les sapiens, les Néandertaliens, les Dénisovants et ce vieux erectus géorgien ? C’est Alanine. La version glycine pourrait donc être spécifique à ce groupe d’Asie de l’Est.
Le lien Denisovan
Voici la tournure. En position 273, ils ont trouvé de la valine au lieu de la méthionone. Les chercheurs connaissaient déjà cette variante valine. Ils l’ont vu chez les Dénisoviens. Un exemplaire de Sibérie vieux de 70 000 ans. Et un trouvé près de Taiwan. Si les erectus d’Asie de l’Est avaient cette variante… et que les Dénisoviens l’ont… ils ont probablement échangé leur ADN. Ou plutôt des signatures protéiques qui remontent à l’ADN.
Le métissage a du sens. Les deux groupes se trouvaient dans le même temps et dans le même espace. Tanya Smith, évolutionniste à l’Université Griffith, considère cela comme raisonnable.
L’histoire devient plus forte quand on regarde les Dénisoviens plus âgés. L’équipe de Fu a examiné l’émail d’un Denisovan vieux de 150 000 ans trouvé à Harbin, dans le nord de la Chine. Ils ont également obtenu des données sur une personne de Sibérie âgée de 200 000 ans. Ces anciens Dénisoviens avaient à la fois les versions méthionone et valine. Ils en ont hérité d’un de chaque parent. Hétérozygote. Tout comme on pourrait s’y attendre si leurs parents se mélangeaient différemment.
Espèce fantôme ?
Puis ils nous ont regardés. Les humains modernes. Une infime fraction d’entre nous porte cette variante AMBN. Depuis un certain temps, les chercheurs en génomique ont remarqué des indices d’ADN « super-archaïque » dans les génomes modernes. Pas Néandertalien. Pas Denisovan. Quelque chose de plus vieux. Quelque chose d’inconnu. Une espèce fantôme.
Fu réalisa que le fantôme pourrait bien être erectus.
“C’était donc vraiment excitant.”
La variante rare est probablement passée de erectus aux Dénisoviens. Puis des Dénisoviens au début H. sapiens. Une réaction en chaîne du sexe ancien.
Est-ce prouvé ? Pas exactement. Hawks souligne que des variantes peuvent apparaître par hasard dans différentes populations. Peut-être que erectus ne l’a pas donné aux Dénisoviens. Peut-être qu’il est apparu indépendamment. Cela semble cependant peu probable. D’autant plus que ces séquences super-archaïques sont généralement rares. Trouver ce lien est surprenant. Les chances devaient s’aligner parfaitement.
Des protéines provenant de fossiles erectus encore plus anciens en Chine pourraient éclaircir ce problème. Mais pour l’instant ? Il nous reste cet indice. Que nos plus vieux parents n’ont pas simplement disparu. Ils ont laissé une marque sur nos dents.
Ou nos gènes.
